ב-7 בינואר 1949 תמו קרבות מלחמת העצמאות וב-4 במרס 1949 הושבעה הממשלה הראשונה. ב- 14 באוגוסט 1949 התפלג אגף התכנון , שמנה 179 עובדים, בין שלושה משרדי ממשלה: משרד העבודה והבינוי (שאליו שויך מלכתחילה), משרד הפנים ומשרד ראש הממשלה. גולדה מאיר, שרת העבודה בממשלה הראשונה, קיבלה את מחלקת השיכון, שגדלה והייתה לאגף,16 משרד הפנים ירש את סמכויות התכנון המקומי, סמכויות הפיקוח על ביצוע התכניות הארציות והמקומיות, מתן תוקף לתכניות מקומיות וסמכויות הכנת התכניות המחוזיות. מחלקת התכנון הפיזי היוזם עברה למשרד ראש הממשלה. למרות הפיצול הארגוני של אגף התכנון, בוצעה העבודה תוך שיתוף פעולה מלא בין המחלקות, שישבו באותם מבנים בקריה בתל-אביב,  ובינן לבין אגף השיכון. ב- 1 בינואר 1952 אוחד אגף התכנון שוב, תחת תסותו של משרד הפנים, ואילו אגף השיכון נותר במשרד העבודה והבינוי. בשנת 1951 פרסם אגף התכנון תכנית אב מקפת למדינת ישראל, שנקראה תכנית שרון, על שמו של ראש האגף. מתכנני התכנית ראו צורך עליון לפזר את האוכלוסייה, ליישב חבלי ארץ בלתי מיושבים וליצור מדרג עירוני, כיוון שעם קום המדינה ישבו 82 אחוז מאוכלוסיית היהודים בשלוש הערים הגדולות ובסביבותיהן.